蛋白质在几乎所有的生物过程中都发挥着关键作用，因此是各种疾病治疗干预的关键靶点。药物开发还有许多其他蛋白质靶点。以下是一些例子：
转录因子：这些蛋白质与特定的DNA序列结合，控制遗传信息从DNA到mRNA的流动（或转录）。它们在调节基因表达方面发挥着至关重要的作用。以转录因子为靶点的疾病包括某些类型的癌症和糖尿病。
蛋白酶体：这些是所有真核生物、古菌和一些细菌中的大型蛋白质复合体。它们参与通过蛋白水解降解不需要的或受损的蛋白质，蛋白水解是一种破坏肽键的化学反应。蛋白酶体抑制剂用于治疗多发性骨髓瘤等疾病。
表观遗传学蛋白质：包括参与DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质重塑的蛋白质。它们在不改变基本DNA序列的情况下调节基因表达。表观遗传药物正在开发，用于治疗癌症、神经疾病和其他疾病。
磷酸酶：这些酶从底物中去除磷酸基团，通常逆转激酶的作用。它们在细胞调节中起着关键作用。
热休克蛋白（HSPs）：这些蛋白质是由细胞在应激条件下产生的。它们在蛋白质折叠中发挥作用，可以防止细胞损伤。一些癌症细胞具有高水平的热休克蛋白，这些蛋白是一些抗癌药物的靶点。
凋亡蛋白：这些蛋白参与程序性细胞死亡或凋亡。细胞凋亡的失调会导致细胞增殖失控（如癌症）或细胞过度死亡。针对凋亡蛋白的药物正在开发中，用于治疗癌症和神经退行性疾病。
整合素：这些是跨膜受体，在胚胎发生、免疫反应、伤口愈合和转移等多种过程中参与细胞粘附和识别。
免疫调节蛋白质：包括各种细胞因子、趋化因子和其他参与免疫反应的蛋白质。它们通常是治疗自身免疫性疾病和癌症的靶点。
参与细胞周期调节的蛋白质：这些蛋白质通过细胞周期调节细胞的进程，可以作为癌症治疗的靶点。
粘附分子：这些分子帮助细胞相互粘附及其周围环境，并在炎症、肿瘤转移和许多其他过程中发挥关键作用。
用药物靶向这些蛋白质中的任何一种都需要深入了解它们的结构和功能，以及它们如何参与疾病过程。